Venerdì, 17 Gennaio 2020

News

COMMON VARIANT

 

Lo studio delle varianti polimorfiche (common variant) è determinante nella comprensione dei meccanismi alla base della suscettibilità alle diverse patologie multifattoriali, tra cui rientrano molte malattie comuni (anche l'asma). Esistono varianti alleliche per lo più di SNPs (polimorfismo a singolo nucleotide) - o STRs  (Short Tandem Repeats) con ruolo di predisposizione alle malattie e varianti alleliche che hanno invece un ruolo protettivo, più frequenti negli individui sani. Ma le trovi anche accanto ai polimorfismi "scomodi " nei soggetti "malati". Hanno un loro ruolo nel cercare "mitigare" la problematica. 

Questi SNPs sono varianti all’interno di un gene, inseriscono cioè piccole variazioni aminoacidiche che, nella proteina codificata, hanno un ruolo più specifico nel determinare la variazione dell'espressione genica.

Come indicato dal nome, i SNPs sono variazioni di singole basi del DNA. L’aplotipo è infatti l’insieme dei polimorfismi di un singolo nucleotide (SNPs) su un unico cromosoma di una coppia di cromosomi, che sono statisticamente associati.

Gli STRs sono essenzialmente delle sequenze genomiche contenenti un modulo di 2-5 nucleotidi ripetuti per decine di volte.

Si ritiene oggi che queste associazioni, e l'individuazione di un paio di alleli di un aplotipo, possano portare all'identificazione inequivocabile di tutti gli altri siti polimorfici nella sua regione.

La sfida della medicina oggi non è soltanto l’identificazione di queste varianti, ma anche e soprattutto la comprensione degli effetti di queste varianti nei diversi contesti genetici, ambientali e in relazione ad altre patologie. Per fare alcuni esempi, regioni di suscettibilità sono condivise da schizofrenia e disturbi bipolari (ad esempio MaoA), diabete di tipo II ed obesità, psoriasi e dermatite atopica.

Le varianti SNP tendono ad essere comuni in diverse popolazioni umane. Le varianti polimorfiche (polimorfismi) sono alla base dell’ eziologia patologica di molte malattie e andrebbero pertanto studiate su tutta la popolazione piuttosto che su scala familiare. Questi polimorfismi sono utili come indicazioni genomiche, o "marcatori", per la ricerca di varianti comuni (common variant) che influenzano la suscettibilità alle malattie comuni.

“La complessità della struttura del genoma umano e la sua fine regolazione possono difficilmente essere spiegati da singole varianti alleliche. 

La variabilità del genoma umano garantisce un’enorme adattabilità agli stimoli ambientali. Le stesse malattie possono essere interpretate come interazioni geni-ambiente sfavorevoli e non come semplice sommatoria di effetti singoli di geni ed ambiente..” (http://dspace.uniroma2.it/dspace/bitstream/2108/1121/1/tesi+dottorato3.pdf)